Siglato oggi un importante accordo scientifico tra Eurotech, la società di Amaro leader mondiale nella produzione di strumenti di calcolo pervasivo e computers per il calcolo parallelo e l’Istituto di Genomica Applicata (IGA), uno spin-off dell’Università di Udine impegnato in una cordata italo-francese nell’ambizioso progetto di sequenziamento del genoma della vite.
L’accordo prevede una collaborazione per l’allestimento di una macchina che risolverà i problemi computazionali legati alla decodifica della sequenza. Eurotech metterà a disposizione di IGA la sua esperienza nell’assemblaggio di architetture hardware per il calcolo parallelo e IGA svilupperà il software che permetterà la soluzione dell’affascinante problema al confine tra Biologia e Informatica.
Il prof. Alberto Policriti, docente di Informatica all’Ateneo Udinese e responsabile del gruppo bioinformatico all’IGA, ha il compito di assemblare un grande puzzle fatto di poco più di 10 milioni di stringhe, ottenute nei laboratori che si dedicano da mesi al sequenziamento del genoma della vite e di ricostruire così l’intera sequenza del genoma della vite.
Le stringhe sono state prodotte sequenziando circa 850 ‘basi’ all’estremità di frammenti di DNA di vite di diversa lunghezza ottenuti per rottura casuale del DNA stesso. Ricordiamo che le ‘basi’ sono i mattoni (definiti dai biologi con le lettere A, T, C, G) che costituiscono il DNA di ogni organismo vivente. Le sequenze prodotte sono ridondanti, coprono circa 12 volte le dimensioni del genoma e hanno parti che si sovrappongono. Si tratta di identificare le sovrapposizioni e mettere così vicino una sequenza unica, lunga 450 milioni di basi, che rappresenta l’intero genoma della vite.
Servono algoritmi e software appropriati, che in parte già esistono e sono stati utilizzati per esempio per l’assemblaggio della sequenza del genoma umano. La novità e la sfida sta nello sfruttamento delle potenzialità dei modelli di computer sviluppati da Exadron (società del gruppo Eurotech) per il calcolo parallelo. Algoritmi e software sono in parte disponibili sul mercato e in parte sono stati sviluppati dal gruppo udinese.
Il prof. Policriti ed il suo gruppo stanno testando i programmi sulle sequenze di un cromosoma di topo, usate come modello per le dimensioni della sequenza da ricostruire, comparabile a quella del genoma della vite. I risultati sono assai promettenti.
